但无须回避，试行这一制度，也存在不同学校不同学科对博士生的考核要求不同的问题。如相对于理工科博士大多要参与导师的课题、项目，要给导师干活，导师对申请者的考核比较严格不同，文科生申请博士，由于导师承担资助经费相对较少，且有的文科导师并不需要学生给自己的项目干活，也就更容易出现“放水”问题。另外，舆论质疑的“人情交易”“钱学交易”“权学交易”“近亲繁殖”等问题，也在个别学校的个别导师招收博士生时存在，被举报、曝光。
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，这一点在51吃瓜中也有详细论述
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